随后周琦在个人社交媒体上发声，将会继续追逐自己的篮球梦：“拼图，不是这一块，会是下一块。梦不变，我在路上。”
周琦在2016年次轮总第43顺位被休斯顿火箭队选中。在2017-18赛季面对国王的常规赛收官战中砍下生涯最高的4次封盖。在过去两个赛季中，周琦大部分时间都为火箭下属的发展联盟球队里奥格兰德河谷毒蛇队效力，场均能够贡献11.2分7篮板以及2.1封盖，投篮命中率能达到51.3%。
周琦职业生涯时间轴：
2016年4月16日，周琦宣布他将参加2016年的NBA选秀，成为继2007年的易建联和孙悦之后，近10年来首位参加NBA选秀的中国球员。
2016年6月24日，周琦在第二轮43顺位被火箭选中。
被火箭选中之后，周琦并未马上加盟NBA，而是留在CBA的新疆队再打一年，帮助球队获得队史首个CBA总冠军。2017年4月下旬，周琦奔赴休斯顿，一边进行特训，一边恢复身体。之后，莫雷宣布周琦将登陆NBA。
2017年7月8日，周琦正式签约火箭。根据报道，周琦与火箭签署的是4年总价值557万美元的底薪合同，其中仅首年81.6万美元是受保障的，后三年都是非保障的。
2017年10月22日，在火箭对独行侠的比赛中，周琦迎来首秀，打了7分钟，没有得分，但抢到了3个篮板，送出1次盖帽。
2017年11月2日，火箭对阵尼克斯，周琦打了4分31秒，3投1中，罚球2中1，得到3分，这是他首次为火箭得分。
2017年11月7日，火箭将周琦下放至发展联盟的毒蛇队，这是周琦首次被下放。而没想到，此后，周琦就频繁在火箭和毒蛇之间奔波，他在发展联盟打的比赛比在NBA的还要多。
2017年11月25日，周琦在发展联盟的一场比赛中遭遇左小腿的伤势，他被火箭召回到休斯顿养伤。为火箭效力期间，周琦多次受伤，伤病也是阻碍他发展的关键因素之一。
