孙杨第一次传出兴奋剂事件是在2014年。2014年5月的全国游泳冠军赛孙杨接受了赛内检查，结果A瓶尿样含有违禁物质曲美他嗪。这是当年被世界反兴奋剂机构列入禁用药物清单的药物。
在兴奋剂检测呈阳性之后，孙杨也向中国反兴奋剂中心提出听证申请，提供了大量误服证据。据悉，孙杨在2008年后出现胸闷、心悸等不适症状，为了治疗，孙杨遵医嘱使用处方药“万爽力”(盐酸曲美他嗪)，而曲美他嗪直到2014年才被列入禁药清单，孙杨和教练团队未能及时了解该变化。不过，听证过后，中国游泳协会还是作出了处罚，孙杨被禁赛三个月，他在全国游泳冠军赛上的1500米自由泳冠军被取消。
第二次是2016年，法国游泳名将拉古向媒体曝出孙杨的尿是紫色。当时在里约奥运会男子100米仰泳决赛中，拉古只拿到了第五，徐嘉余拿到了银牌。赛后，他恼羞成怒，“输给一个中国人（徐嘉余）让我很不开心。同时我看到了200米自由泳的领奖台（孙杨拿到200米自由泳冠军），那让我恶心。作弊的人竟然成为冠军，这让我想呕吐。孙杨，他的尿是紫色的！”但是，这只是法国人的一面之词，就连法国媒体都认为，他是输不起，使用了语言暴力，掺杂失败后的个人情绪。
第三次，去年9月的所谓“暴力抗检”事件。今年1月英国媒体爆料，孙杨在去年9月跟兴奋剂检测人员发生了冲突，并且指使一名保安用锤子砸坏装有血样的瓶子。
这次事件炒得沸沸扬扬，之后，中国游泳协会亲自发表了声明澄清，“孙杨在2018年9月接受国际泳联(FINA)授权的兴奋剂检查样本采集机构，国际兴奋剂检查管理公司(IDTM)的赛外检查时，因IDTM的兴奋剂检查人员不能提供合法的兴奋剂检查官证件和护士执业证，违反了国际泳联反兴奋剂规则及相关国际标准，运动员认为本次检查是非法和无效的，从而导致本次检查无法完成。国际泳联就此开展调查后，依据国际泳联反兴奋剂委员会(FINA DOPING PANEL)决定，认定运动员没有违反FINA有关反兴奋剂规则。”另外，孙杨律师团队也声明，并未砸坏血样，“在场的兴奋剂检测人员决定停止检测，并将血检样本还给了孙杨。”
但是，独立于国际泳联的世界反兴奋剂机构并不罢休，他们提出了上诉。孙杨的律师团队在世锦赛游泳比赛开始前夕也发表了声明，孙杨要求国际体育仲裁法庭（CAS）举行听证会的时候，向公众开放，以求公开透明，证明自己的清白。
